U ortodonciji 3D/CBCT ima značajnu ulogu u odredjivanju pozicije impaktiranih i ektopičnih zuba. Jasno se uočavaju odnosi tih zuba sa okolnim anatomskim strukturama i korenovima susednih zuba što je neophodno znati u svrhu planiranja ortodontske terapije. Kod rascepa nepca, 3D/CBCT je nezamenljiv u prikazu stepena rascepa i njegove povezanosti sa susednim zubima. Prilikom snimanja koristimo minimalno potrebnu veličinu polja kojim se može prikazati željena regija,što umanjuje dozu zračenja.